Bereits im 10. Jahrhundert n. Chr. dürfte in Hettenkirchen ein kleines Gotteshaus gestanden sein. Seit dem Spätmittelalter gehört die Kirche zur Pfarrei Attenkirchen und ist dem heiligen Petrus geweiht. Während des Dreißigjährigem Krieges musste das Gotteshaus sehr leiden und zu Anfang des 19. Jahrhunderts drohte ihr fast das endgültige Aus. Im Zuge der Säkularisation sollte sie abgebrochen werden. Durch den persönlichen Einsatz der Hofmarksherrin Gräfin Arco blieb die Kirche jedoch erhalten. Mehrfach wurde sie renoviert. Die jüngste Renovierung erfolgte von 1989 bis 1992. Am 12. Juli 1992 wurde die Filialkirche St. Petrus und Paulus in Hettenkirchen mit einem feierlichen Festgottesdienst wiedereröffnet.

Der gotische Bau besitzt an der Ostseite über dem Chor einen Turm mit einerbarocken Zwiebelhaube. Im Innern des Gotteshauses befinden sich Holzfiguren aus dem 16. Jahrhundert. Sie zeigen den heiligen Wolfgang, einen nicht näher bezeichneten Bischof und den Kirchenpatron, den Apostel Simon Petrus.
 
Neben der Kirche befindet sich ein einziges Grab. Es ist die Ruhestätte eines Soldaten aus Pommern, der kurz vor Ende des zweiten Weltkriegs bei Hettenkirchen gefallen war.

Zum Patrozinium findet alljährlich ein Bittgang zur Filialkirche statt.
Außerdem kann jeden letzte vierten Donnerstag im Monat um 19 Uhr ein Gottesdienst in Hettenkirchen besucht werden.